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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显示信息出多的海洋生物活性酶，还包括抗淋巴肿瘤和身体毒做用。大多数，三萜是实现甲羟戊酸路经炼制的，并从具有沉水植物和真菌孢子中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习小论文。该学习找到三萜类类化合物野生野生灵芝酸（GA）是确认全自动训练的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物工程流量转化引发的。实现转录组和球营养物质组学科技加大力度骤探险无柄虫草菌丝体中DHT引发两种方式虫草酸（GA）的制度，并结合多个学科技检侧到的文化对比分析DNA和文化对比分析球核蛋白，预测DHT 怪物工程自动合成 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和工作分类整理

凭借对无柄虫草细菌菌丝体开始转录组测序共到67230个转录本和142915个单dna。在以下单dna中，494个被亲子鉴定为异同表现dna（DEGs），但进来213个表现调整，279个表现调整（图1A）。GO聚集研究后，DEGs划分成微生物整个的期间（BP）、体组织细胞因素（CC）和碳原子工作（MF）3类。在BP类中，出显了前6个子类：抗菌素被分解转换成消化吸收整个的期间，乙酸盐消化吸收整个的期间和甲酸盐消化吸收整个的期间;而在CC类中，体组织细胞外区、突触复合型体、突触构成是前6个亚类。对待MF类，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化、氧化物恢复备份酶化学活化和酸氨（或酰胺）接触酶化学活化是前6个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG环路研究中，前30条聚集度最快的环路中含27条归于消化吸收，但进来二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收走势环路特殊聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和基本功能归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体展开蛋清质组学资料介绍一下，共有明确了16,457种鲜明肽、2606种蛋清质和2588种参考值蛋清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的选择能力下，在那2606种蛋清质中，94种被鉴定结论为的差别形容蛋清（DEPs），这当中52种上浮，42种再降（图2A），图2C信息展现了的差别形容蛋清的聚类介绍一下法资料介绍一下热图。从GO资料介绍一下看看，BP类型信息展现，大部份数DEPs参于乙酸盐排泄阶段、消炎药研究的排泄阶段和药品研究的排泄阶段。CC类DEPs在神经元外区、过腐蚀物酶体和微体中平均水平最多，腐蚀重置酶活力性和甲酸脱氢酶（NAD）活力性在MF类中DEPs的此例最多（图2B）。与转录组然而相拟，KEGG通道资料介绍一下信息展现，好多DEPs在排泄中聚集，这当中3条最聚集的行业是光合生物制品学中的碳放置、碳排泄和MAPK资料通道（图2D）。凡此种种，凭借资料介绍一下GO资料库的CC对DEPs展开亚神经元市场定位资料介绍一下和注解（图2E），DEPs包括匀称在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs生物制品学炼制的包括的位置。

图2|蛋白酶质组的参考值阐述和系统认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物被转化和相较比较组待选DEGs和DEPs打造了维恩图，有20个左右的关系展现爱遗传基因遗传遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组就有的DEGs/DEPs展开聚类算法剖析，得知mRNA和血清质左右有14个调涨遗传基因遗传遗传和4个下跌遗传基因遗传遗传，DEGs与其说翻译专业的DEPs展现爱程度呈正对应，来源于Pearson的对应标准值剖析，在转录组和血清质组左右检测工具到比较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧结论呈现，E组和C组1俩个DEGs的描述方式平行不同为显著，中仅9个为调整DEGs，俩个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述方式动向与转录成分析结论不一。

图3|淀粉酶质组的一定量定量分析和用途核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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