在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

理论研究结果显示

1、从光敏培育肿瘤细胞中分离出来DNA热塑球营养素

为了能分离出来光化学交连核蛋清酶含量质-DNA包覆物主要在LC-MS介绍，作家开发技术了种性质发生变化纯化方案格式，可从DNA中取除了说化学交连核蛋清酶含量质，仅在直晒时按照可以什么是基因组碰触丰度DNA化学交连核蛋清酶含量质。用TRIZOL截取着色质并取除入狱获的非化学交连核蛋清酶含量，随后将其全新溶解完以做RNase消化吸收系统。按照超声波裁切所述核蛋清酶含量质化学交连DNA的截取物，在硫氰酸胍中烧开，然性质发生变化，并在二氧化反应硅离心法柱上胸骨后疼痛洗衣机清洗以取除了说化学交连核蛋清酶含量质一直到成功完成。按照核酸酶解决从DNA中发出光化学交连核蛋清酶含量，并做胰核蛋清酶含量酶消化吸收系统主要在LC-MS介绍。该的方式取名为核蛋清酶含量质化学交连DNA截取或XDNAX。

图1.蛋清质化学交联DNA抽取或XDNAX流量图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独了解DNA的营养素质图谱

将光化学交联的方法拜谱生物于MCF7血癌细胞，察觉了1,805种得票率核胆固醇，这当中1,191种都存在于3个或非常多次重叠中。60%的DNA相互之间效果组代有核酸构建实际的GO参考文献标注，在短缺核酸构建实际参考文献标注的核胆固醇质中，非常大的贡献率出自于核纤层核胆固醇，之后是加入染色的质阻止和血癌细胞裂开的核胆固醇质（图2）。

图2 . 可同时打交道 DNA 的膳食纤维质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了了DNA彼此功用组所潜在的血清质-DNA对话框极其蕴含的核苷酸交连肽。这收录因此（1）球状DNA切合起来形式域、（2）DNA 切合起来周期性区（IDR）和（3）因此与一些血清质（列如组血清切合起来血清）、RNA（列如剪接要素）或相分割区室（列如核仁血清）彼此功用而影响的生态环境靠近。

图3 . 可随便使用 DNA的结构特征域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析癌细胞扰动哺乳期间与DNA结合实际的转录细胞因子

女性皮质皮质激素药肾上腺素受体α（ESR1）驻留下来胞质溶胶中，是直到遇着其配体，引起易位到神经神经元系核，在那它与遗传基因组中的指定范围结合实际以激活卡指定的转录子程序。将血清饥饿的MCF7神经神经元系表露于高极量女性皮质皮质激素药（10 nM 17β-雌二醇）4两分钟的时间，与模拟仿真进行处理的对比神经神经元系比因此的DNA互为间角色组（图4A）。这之中，女性皮质皮质激素药影响后DNA互为间角色组中的ESR1曾加了30倍（图4B）。总的策略而言，在1,814个酶联免疫法的蛋清质-DNA互为间角色中，约有9%表现出可超过2倍的相关性变现，并观察分析到与ESR1极具互为间角色的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素除理乳房增生癌人体细胞 DNA 双方的功效组的定量分析相当（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结ppt

设计打开遗传复染体组的蛋清质以知道它是如何才能被读并付诸实践活动的，一直都在是研发员一位长时间的执着。遗传复染体组可及性首要以DNA为主的维度展开设计，而是，到近年来 ，复染质凝胶的帮助中的哪种蛋清质与DNA 时有发生物理上的相护帮助尚不知道。选择零空距光热塑，可发现DNA相护帮助组中的基本上都数蛋清质，XDNAX的技术将用作蛋清质-DNA相护帮助设计的更强机器。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、呈现组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取论文毕业论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.